ดังนั้น การฟ้องคดีเพื่อขอให้ศาลเพิกถอนคำสั่ง ผู้ฟ้องคดีจะต้องยื่นฟ้องภายใน 90 วัน นับแต่วันที่รู้หรือควรรู้ถึงเหตุแห่งการฟ้องคดี ซึ่งก็คือวันที่ได้รับแจ้งคำสั่ง หรือวันที่ได้รับแจ้งผลการพิจารณาอุทธรณ์หรือร้องทุกข์ในกรณีที่มีกฎหมายกำหนดให้ต้องดำเนินการอุทธรณ์หรือร้องทุกข์ก่อนฟ้องคดี แต่หากผู้มีหน้าที่ไม่ดำเนินการพิจารณาเรื่องอุทธรณ์หรือร้องทุกข์ภายในเวลาที่กฎหมายกำหนด ผู้เดือดร้อนเสียหายจะต้องนำคดีมาฟ้องต่อศาลภายใน 90 วัน นับแต่วันที่พ้นกำหนดระยะเวลาการพิจารณาเรื่องอุทธรณ์หรือร้องทุกข์ตามที่กฎหมายกำหนดไว้ดังกล่าว การนำคดีมาฟ้องต่อศาลเมื่อพ้นกำหนดระยะเวลาการฟ้องคดีแล้ว ย่อมส่งผลให้ศาลไม่อาจรับคำฟ้องและไม่อาจสั่งให้เพิกถอนได้ถึงแม้คำสั่งที่พิพาทจะไม่ชอบด้วยกฎหมายก็ตาม โดยคำสั่งดังกล่าวจะยังมีผลต่อไปตราบเท่าที่ไม่มีการเพิกถอนหรือสิ้นผลลงโดยเงื่อนเวลาหรือโดยเหตุอื่น ทั้งนี้ตามมาตรา 42 วรรคสอง แห่ง พ.ร.บ.วิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ.2539 ทำให้มีปัญหาต่อไปว่า หากพ้นระยะเวลาการฟ้องคดีเพื่อขอเพิกถอนคำสั่ง แต่ยังไม่พ้นระยะเวลาการฟ้องคดีเรียกค่าเสียหาย จะฟ้องคดีต่อศาลเพื่อให้พิจารณาเฉพาะกรณีละเมิดอันเกิดจากคำสั่งได้หรือไม่?
มีกรณีที่ศาลปกครองสูงสุดได้เคยวินิจฉัยไว้ ข้อเท็จจริงมีว่า ผู้ฟ้องคดีเป็นนายแพทย์ ได้เข้าร่วมโครงการโรงพยาบาลตำบลความฝัน ซึ่งแพทย์ที่ปฏิบัติงานตามโครงการดังกล่าวจะได้รับค่าตอบแทนพิเศษนอกเหนือจากเงินเดือน ต่อมาได้มีการจัดประกวดโครงการนวัตกรรมหลักประกันสุขภาพทั่วหน้าดีเด่น ผลการตัดสินได้แจ้งว่านวัตกรรมด้านบริการของโรงพยาบาลตำบลชวนชื่นที่ผู้ฟ้องคดีปฏิบัติหน้าที่อยู่ได้รับรางวัลชนะเลิศ แต่เมื่อถึงกำหนดวันไปรับรางวัลกลับเป็นสาธารณสุขอำเภอที่ได้รับรางวัลดังกล่าวแทน เป็นเหตุให้เกิดความสงสัยแก่ประชาชนและบุคลากรของโรงพยาบาลตำบลชวนชื่น จึงได้มีการมอบหมายให้ผู้ฟ้องคดีไปสอบถามเหตุผลจากผู้อำนวยการโรงพยาบาลประจำอำเภอ จนเกิดความขัดแย้งกันขึ้น ต่อมาผู้อำนวยการฯ ได้มีคำสั่งยกเลิกเงินค่าตอบแทนต่างๆ ของผู้ฟ้องคดี แล้วสั่งให้ผู้ฟ้องคดีกลับมาปฏิบัติงานในโรงพยาบาลประจำอำเภอ โดยไม่ให้โอกาสผู้ฟ้องคดีชี้แจงหรือแสดงพยานหลักฐานใดๆ ผู้ฟ้องคดีจึงได้ร้องทุกข์ต่อสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดและผู้ว่าราชการจังหวัดเพื่อขอความเป็นธรรม แต่ก็ไม่มีการพิจารณาเรื่องร้องทุกข์ของผู้ฟ้องคดี ผู้ฟ้องคดีจึงยื่นฟ้องผู้อำนวยการโรงพยาบาลและพวกต่อศาลปกครองเพื่อขอให้เพิกถอนคำสั่งที่ยกเลิกเงินค่าตอบแทนดังกล่าว รวมทั้งขอให้ผู้ถูกฟ้องคดีชดใช้เงินค่าตอบแทนพิเศษแก่ผู้ฟ้องคดี รวมเป็นการฟ้อง 2 ข้อหาพร้อมกัน
ศาลปกครองชั้นต้นเห็นว่า หากฟ้องเพิกถอนคำสั่งไม่ได้เพราะเหตุพ้นระยะเวลาการฟ้องคดีแล้ว ก็จะไม่สามารถฟ้องกรณีละเมิดอันเกิดจากคำสั่งดังกล่าวได้ด้วย แม้ข้อหาที่สองจะยังอยู่ในระยะเวลาการฟ้องคดีก็ตาม
แต่ศาลปกครองสูงสุดมีความเห็นต่างจากศาลปกครองชั้นต้น โดยศาลปกครองสูงสุดวินิจฉัยไว้เป็นบรรทัดฐานว่า แม้ว่าคำสั่งดังกล่าวจะยังมีผลบังคับต่อไปเนื่องจากผู้ฟ้องคดีได้ยื่นฟ้องเพิกถอนเมื่อพ้นระยะเวลาตามกฎหมาย กล่าวคือ ไม่ได้นำคดีมาฟ้องภายใน 90 วัน นับแต่วันที่พ้นกำหนดระยะเวลาการพิจารณาเรื่องร้องทุกข์ของผู้มีหน้าที่ตามกฎหมาย ซึ่งไม่ได้หมายความว่า คำสั่งนั้นจะกลายเป็นคำสั่งที่ชอบด้วยกฎหมาย และศาลไม่อาจตรวจสอบความชอบด้วยกฎหมายได้ หากแต่ศาลยังคงมีอำนาจตรวจสอบความชอบด้วยกฎหมายของคำสั่งดังกล่าวได้ เพียงแต่ไม่อาจเพิกถอนได้
ดังนั้น การที่ผู้ฟ้องคดีฟ้องขอให้เพิกถอนคำสั่งมาพร้อมกับฟ้องเรียกร้องให้ผู้ถูกฟ้องคดีชดใช้เงินค่าตอบแทนพิเศษด้วย ซึ่งในข้อหาที่หนึ่ง ศาลไม่อาจรับคำฟ้องไว้พิจารณาได้เพราะพ้นระยะเวลาการฟ้องคดีแล้ว แต่ศาลยังสามารถที่จะรับคำฟ้องในข้อหาที่สอง คือ การฟ้องขอให้ชดใช้เงินค่าตอบแทนพิเศษซึ่งยังอยู่ในระยะเวลาภายใน 1 ปี นับแต่วันที่รู้หรือควรรู้ถึงเหตุแห่งการฟ้องคดีได้ และศาลย่อมมีอำนาจที่จะตรวจสอบความชอบด้วยกฎหมายของคำสั่งดังกล่าว ทั้งนี้เพราะการจะพิจารณากำหนดให้ผู้ถูกฟ้องคดีชดใช้ค่าตอบแทนในประเด็นละเมิดอันเกิดจากคำสั่งได้ จำต้องพิจารณาให้ได้ความก่อนว่าคำสั่งที่พิพาทเป็นคำสั่งที่ชอบด้วยกฎหมายหรือไม่ ศาลปกครองสูงสุดจึงกลับคำสั่งของศาลปกครองชั้นต้นเป็นให้รับข้อหาที่สองไว้พิจารณาตามรูปคดีต่อไป (คำสั่งศาลปกครองสูงสุดที่ 849/2549)
จึงสรุปได้ว่า การฟ้องเรียกค่าเสียหายกรณีละเมิดอันเกิดจากคำสั่งที่ไม่ชอบนั้น หากพ้นระยะเวลาการฟ้องเพิกถอนคำสั่งแล้ว ผู้เดือดร้อนเสียหายยังสามารถนำคดีมาฟ้องต่อศาลปกครองในข้อหาละเมิดได้ แต่จะต้องอยู่ในระยะเวลาการฟ้องคดีละเมิดคือภายใน 1 ปี นับแต่วันที่รู้หรือควรรู้ถึงเหตุแห่งการฟ้องคดีซึ่งถือเอาวันเดียวกันกับวันที่รู้ถึงเหตุแห่งการฟ้องเพิกถอนคำสั่ง (แต่ไม่เกิน 10 ปี นับแต่วันที่มีเหตุแห่งการฟ้องคดี) ทั้งนี้ การฟ้องเรียกค่าเสียหายกรณีละเมิดนี้ผู้ฟ้องคดีจะต้องเสียค่าธรรมเนียมศาลในอัตราตามที่กฎหมายกำหนดไว้ด้วย ซึ่งค่าธรรมเนียมนี้ผู้ฟ้องคดีจะได้รับคืนตามส่วนที่ชนะคดี
